南湖网讯(通讯员王双琦)7月21日上午,应我校信息学院李国亮教授的邀请,四川大学华西医院精准医学中心副主任谢丹研究员在逸夫楼C座314会议室,作了题为“基因调控复杂性剖析”的学术报告。会议由信息学院院长张红雨教授主持。学校师生代表参加了报告会。
谢丹主要从转录因子的协同调控和比较表观基因组学两方面对基因的表达调控进行了详细介绍。谢丹应用了一种称为自组织特征映射(Self-Organizing Map,SOM)的人工神经网络方法,研究了一个细胞系及多个细胞系中的高维转录因子共定位模式,他指出不同细胞系以及不同条件下的一个细胞系的转录因子共定位会发生普遍变化。
谢丹提出利用比较表观基因组学对人类、小鼠和猪3个物种的多能干细胞进行分析;指出物种间组蛋白和DNA修饰的表观遗传具有保守性,表观遗传保守与序列保守性并非一致,比较表观基因组学可用于发现序列比较分析发现不了的基因组调控特征。
同时,谢丹介绍了一种新的由统计辅助的长读段单倍型分析方法(statistically aided, long-read haplotyping,SLRH),以此来组装同源的染色单体,并将相应结果用于鉴定人类基因组中的等位基因特异位点甲基化模式,发现了许多之前从未发现过的差异甲基化区域。
审核人:李国亮
【人物介绍】
谢丹研究员2011毕业于美国伊利诺伊大学香槟分校,后在美国斯坦福大学医学院进行博士后研究。2015年被聘为四川大学生物治疗国家重点实验室特聘研究员。2016年开始担任四川大学华西医院精准医学中心副主任。谢丹长期从事基因组学以及生物信息学研究,主要结合近年来迅速发展的第二代测序技术和统计以及机器学习方法,系统深入研究了多种基因调控机制和基因组间表观遗传谱的差异,揭示了基因调控导致性状差异的分子层面机理,研究成果在恶性肿瘤等重大疾病的基因调控和疾病进程、生物学行为以及恶性肿瘤个性化治疗方面具有很好应用价值。
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